Hiện nay, hầu hết mọi người đều cho rằng doanh nghiệp chỉ được cấp phép một chữ ký số duy nhiên. Tuy nhiên, cách hiểu này chưa đúng. Doanh nghiệp không bị giới hạn số lượng chữ ký số. Đăng ký và sử dụng bao nhiêu chữ ký số hoàn toàn phụ thuộc vào nhu cầu của doanh nghiệp. 
Ngoài ra, doanh nghiệp có thể đăng ký cho mỗi dịch vụ công một chữ ký số khác nhau. Ví dụ:

• Kê thai thuế đăng ký chữ ký số A

• Dịch vụ nộp thuế đăng ký chữ ký số B

• Khai tờ BHXH đăng ký chứng thư số C

• Kê khai Hải quan đăng ký chữ ký số D,…

Như vậy, một doanh nghiệp được phép đăng ký nhiều chữ ký số. Hiện chưa có quy định áp dụng về số lượng chữ ký số tối đa của doanh nghiệp. 
Lưu ý quan trọng khi doanh nghiệp sử dụng chữ ký số
Đối với các dịch vụ công trực tuyến, doanh nghiệp được cấp duy nhất 01 tài khoản. Nếu trong trường hợp doanh nghiệp quên, mất mật khẩu dịch vụ nộp tờ khai thuế, khai BHXH, nộp thuế trực tuyến thì doanh nghiệp có thể dùng chữ ký số để lấy lại mật khẩu của tài khoản. Hoặc trong trường hợp doanh nghiệp cần thay đổi chữ ký số của tài khoản cũng có thể thao tác trực tuyến đơn giản. 
Tuy nhiên, với tài khoản Hải quan, khi doanh nghiệp mất, quên mật khẩu hoặc hết hạn chữ ký số thì doanh nghiệp phải gửi yêu cầu bằng văn bản lên Hải quan quốc gia. Bộ văn bản này bao gồm:

• Giấy phép đăng ký kinh doanh (photo có công chứng)

• CMND giám đốc (photo có công chứng)

• Công văn yêu cầu cập nhật thông tin và lấy lại tài khoản

Doanh nghiệp chờ Hải quan xác nhận, phê duyệt sẽ lấy lại được tài khoản quản trị.