Tổng cục Thuế nhận được phản ánh của một số Cục Thuế về việc hoàn thuế GTGT của cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư khác tỉnh, thành phố với trụ sở chính.
Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:
- Tại Khoản 1 Điều 13 Luật số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008 (đã được sửa đổi, bổ sung theo Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 6/4/2016) quy định về các trường hợp hoàn thuế GTGT:
“Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.”
- Tại Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH13 ngày 13/6/2019 quy định về kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:
“1. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được thực hiện trong các trường hợp sau đây:
a) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước;”
- Tại Khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư:
“3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.”
- Tại Điều 7, Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế quy định về hồ sơ khai thuế và địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư khác tỉnh, thành phố với nơi đóng trụ sở chính (có hiệu lực từ ngày 05/12/2020):
“Điều 7. Hồ sơ khai thuế
…
2. Hồ sơ khai thuế tương ứng với từng loại thuế, người nộp thuế, phù hợp với phương pháp tính thuế, kỳ tính thuế (tháng, quý, năm, từng lần phát sinh hoặc quyết toán). Trường hợp cùng một loại thuế mà người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh thì thực hiện khai chung trên một hồ sơ khai thuế, trừ các trường hợp sau:
…
d) Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế giá trị gia tăng thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho từng dự án đầu tư; đồng thời phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho từng dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp (nếu có) của hoạt động, kinh doanh đang thực hiện cùng kỳ tính thuế.
…
4. Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế và theo mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Người nộp thuế khai bổ sung như sau:
…
b) Người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
…
Điều 11. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế
Người nộp thuế thực hiện các quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 45 Luật Quản lý thuế và các quy định sau đây:
1. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế có nhiều hoạt động, kinh doanh trên nhiều địa bàn cấp tỉnh theo quy định tại điểm a, điểm b khoản 4 Điều 45 Luật Quản lý thuế là cơ quan thuế nơi có hoạt động kinh doanh khác tỉnh, thành phố nơi có trụ sở chính đối với các trường hợp sau đây:
a) Khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư đối với trường hợp quy định tại điểm d khoản 2 Điều 7 Nghị định này tại nơi có dự án đầu tư.”
- Tại Điều 5, Điều 27 Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29/09/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý Thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính Phủ hướng dẫn:
“Điều 5. Trách nhiệm quản lý thuế của cơ quan thuế quản lý trực tiếp, cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ và cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước
1. Đối với cơ quan thuế quản lý trực tiếp
Cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các quy định về quản lý thuế đối với người nộp thuế của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành (trừ quy định tại khoản 3 Điều này), cụ thể:
…
i) Thực hiện thanh tra, kiểm tra đối với người nộp thuế và xử phạt vi phạm pháp luật phát hiện qua thanh tra, kiểm tra (nếu có).
…
3. Đối với cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước:
…
g) Tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư được giao quản lý theo quy định tại Mục 1 Chương V Thông tư này.
3. Đối với cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước:
…
g) Tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư được giao quản lý theo quy định tại Mục 1 Chương V Thông tư này.
…
Điều 27. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc xử lý hồ sơ hoàn thuế
…
a) Cục Thuế nơi người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư của người nộp thuế.”
- Tại khoản 1 Điều 33 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 hướng dẫn về phân loại hồ sơ hoàn thuế:
“1. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp sau đây:
a) Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu của từng trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế gửi cơ quan quản lý thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu. Các trường hợp cụ thể như sau:
a.1) Trường hợp hoàn theo quy định pháp luật thuế giá trị gia tăng bao gồm:
a.1.1) Hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ dự án đầu tư;”

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên:
Trường hợp cơ sở kinh doanh (sau đây gọi là NNT) có dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho từng dự án đầu tư tại cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư. Nếu NNT đề nghị hoàn thuế trên tờ khai thuế mẫu 02/GTGT kỳ thuế từ tháng 01/2021 hoặc quý 1/2021 trở đi và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/09/2021 của Bộ Tài chính thì Cục Thuế nơi có dự án đầu tư tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư của NNT.
Cục Thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế căn cứ quy định của pháp luật về đầu tư, pháp luật về thuế và tình hình thực tế của NNT để thực hiện kiểm tra đối với trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau; phối hợp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp của NNT để xác định: Số thuế GTGT còn được khấu trừ của từng dự án đầu tư trước kỳ tính thuế tháng 01/2021 hoặc quý 1/2021 và việc bù trừ thuế GTGT đầu vào của từng dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động kinh doanh đang thực hiện theo đúng quy định.
Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế được biết, hướng dẫn NNT thực hiện./.