VP & PARTNERS  CONSULTANT

HƯỚNG DẪN LẬP CHỨNG TỪ KHẤU TRỪ THUẾ THU NHẬP CÁ NHÂN VÀ XỬ LÝ SỐ THUẾ NỘP THỪA

Nguồn: Công văn số 3079/CTH-QLDN3 ngày 24 tháng 04 năm 2026 của Thuế thành phố Cần Thơ V/v hướng dẫn lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân và xử lý số thuế còn được khấu trừ
                                                                                        Kính gửi: Trung tâm Nghiên cứu và hỗ trợ sức khỏe cộng đồng
                                                                                                         Mã số thuế: 6300390601
                                                                                                         Địa chỉ: Số 49, tỉnh lộ 927, Xã Hòa An, TP Cần Thơ
 
Trả lời Công văn số 01-2026/CV ngày 13/4/2026 của Trung tâm Nghiên cứu và Hỗ trợ Sức khỏe Cộng đồng (mã số thuế: 6300390601) về việc hướng dẫn lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân và xử lý số thuế còn được khấu trừ. Về vấn đề này, Thuế thành phố Cần Thơ có ý kiến như sau:
- Căn cứ điểm b khoản 9.2 Mục 9 Phụ lục I danh mục hồ sơ khai thuế Ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế:
  "... Trường hợp tổ chức trả thu nhập không cấp chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân do tổ chức trả thu nhập đã chấm dứt hoạt động thì cơ quan thuế căn cứ cơ sở dữ liệu của ngành thuế để xem xét xử lý hồ sơ quyết toán thuế cho cá nhân mà không bắt buộc phải có chứng từ khấu trừ thuế."
- Căn cứ Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội khóa XIV, quy định:
“Điều 60. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
 1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
  ....….
3. Không hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh khoản số tiền nộp thừa trên sổ kế toán, trên hệ thống dữ liệu điện tử trong các trường hợp sau đây:
    a) Cơ quan quản lý thuế đã thông báo cho người nộp thuế về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả nhưng người nộp thuế từ chối nhận lại số tiền nộp thừa bằng văn bản;..."

- Căn cứ Điều 25 và Điều 26 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chỉ tiết một số điều của Luật Quản lý thuế:
“Điều 25. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
   1. Người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi là khoản nộp thừa) theo quy định tại khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn trả...
 Điều 26. Xử lý không hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
   1. Đối với người nộp thuế có khoản nộp thừa theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 60 Luật Quản lý thuế:
     a) Người nộp thuế gửi Văn bản từ chối nhận lại số tiền nộp thừa theo mẫu số 01/ĐNKHT ban hành kèm theo phụ lục 1 Thông tư này..."
- Căn cứ Điều 16 Thông tư số 86/2024/TT-BTC ngày 23/12/2024 của Bộ Tài chính quy định về đăng ký thuế:
“Điều 16. Xử lý hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế và trả kết quả
   ....…..
Trường hợp đơn vị bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất chấm dứt hiệu lực mã số thuế nhưng không có khả năng hoàn thành nghĩa vụ còn phải nộp hoặc còn nợ, hoặc vẫn còn số nộp thừa, số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết sau khi đã thực hiện bù trừ hoặc hoàn trả kiêm bù trừ theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành, các đơn vị mới thành lập từ đơn vị bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất đã có thỏa thuận về việc kế thừa toàn bộ khoản nghĩa vụ thuế của đơn vị bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất thì cơ quan hải quan, cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất thực hiện chuyến nghĩa vụ cho đơn vị mới và ban hành Thông báo về việc chuyển nghĩa vụ thuế của người nộp thuế mẫu số 39/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế là đơn vị bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất, các đơn vị mới, cơ quan thuế quản lý trực tiếp các đơn vị mới.
Căn cứ các quy định trên,
- Trường hợp đơn vị bị hợp nhất (Trung tâm Nghiên cứu và hỗ trợ sức khỏe cộng đồng, mã số thuế 6300262134-002) bị đóng mã số thuế do cơ quan chủ quản chấm dứt hoạt động và không thể xuất chứng từ khẩu trử bàn giao cho đơn vị nhận hợp nhất thì thực hiện theo quy định tại điểm b khoàn 9.2 Mục 9 Phụ lục 1 danh mục hồ sơ khai thuế Ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ.
- Trường hợp sau khi hợp nhất đơn vị bị hợp nhất có số thuế nộp thừa thì trình tự thủ tục xử lý theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế, Điều 25 và Điều 26 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 hoặc thực hiện chuyển nghĩa vụ thuế theo Điều 16 Thông tư số 86/2024/TT-BTC ngày 23/12/2024 của Bộ Tài chính.
- Thuế thành phố Cần Thơ trả lời để Trung tâm Nghiên cứu và Hỗ trợ Sức Khỏe Cộng Đồng biết, thực hiện./.

 

VP&PARTNERS TAX AGENT

VP1: 54/132 Vũ Huy Tấn, Phường Gia Định, TP Hồ Chí Minh.
VP2: 175/6 khu phố Bình Phú, Phường Thuận Giao, TP Hồ Chí Minh.
VP3: 2903 Bùi Lâm, Phường Bà Rịa, TP Hồ Chí Minh.