Kính gửi: Công ty Cổ phần Thực Phẩm Sao Ta.
Địa chỉ: 750 đường Võ Văn Kiệt, phường Phú Lợi, thành phố Cần Thơ.
Ngày 06/8/2026 Thuế thành phố Cần Thơ nhận được Công văn số 136/CV.2026 ngày 04/8/2026 của Công ty Cổ phần Thực Phẩm Sao Ta (sau đây gọi tắt là Công ty) về việc hướng dẫn xử lý số tiền thuế chưa được hoàn thuế dự án đầu tư tờ khai 02/GTGT.
Thuế thành phố Cần Thơ có ý kiến như sau:
Căn cứ khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP:
"3. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 như sau:
"2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:
a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bản, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khi đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khẩu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.
Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng riêng đổi với dự ản đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.
Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng.
b) Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thuộc các trường hợp sau thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế giá trị gia tăng đổi với dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản này:
b.1) Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.
b.2) Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.
b.3) Dự án đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành không phải có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.
Căn cứ Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ Tài chính quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quân lý thuế:
- Tại chỉ tiêu [31] trên Tờ khai thuế giá trị gia tăng - Mẫu số 02/GTGT:
“Thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn bàn giao trong kỳ ([31] <= [29] - [30])"
Tại mục “Ghi chú” trên Tờ khai thuế giá trị gia tăng - Mẫu số 01/GTGT hướng dẫn: “5. Chỉ tiêu [39a]: Khai số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chưa đề nghị hoàn của dự án đầu tư chuyển cho người nộp thuế là chủ đầu tư hoặc người nộp thuế khác do chủ đầu tư giao quản lý hoạt động kinh doanh tiếp tục khấu trừ (là số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ, không đủ điều kiện hoàn, không hoàn mà người nộp thuế đã kê khai riêng tờ khai thuế dự án đầu tư) khi dự án đầu tư đi vào hoạt động hoặc số thuế giá trị gia tăng còn được khẩu trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh của đơn vị phụ thuộc khi chấm dứt hoạt động, hoặc số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế bị chia, tách, sáp nhập, hợp nhất."
Căn cứ các quy định nêu trên, trên cơ sở trình bày của Công ty tại Công văn số 136/CV.2026, Thuế thành phố Cần Thơ trả lời trên nguyên tắc như sau:
1. Đối với hai dự án đầu tư của Công ty (Dự án 1 - Kho lạnh 5000 tấn đã hoàn thành đưa vào sử dụng từ tháng 08/2020; Dự án 2 - Nhà máy Thủy sản Sao Ta đã hoàn thành đưa vào sử dụng từ tháng 02/2023):
Cả hai dự án trên của Công ty hiện nay đều đã kết thúc giai đoạn đầu tư và đã đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh. Do đó, tại thời điểm hiện nay, Công ty không thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT đối với 02 dự án đầu tư trên, do pháp luật chỉ quy định hoàn thuế cho dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động theo quy định tại khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 49/2022/NĐ-CP).
2. Về việc kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào chưa được hoàn của từng dự án theo quy định hiện hành:
- Công ty có thể kết chuyên số thuế GTGT còn được khấu trừ trên tờ khai 02/GTGT (kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC) tại chỉ tiêu [31], và đưa vào chỉ tiêu [39a] trên tờ khai 01/GTGT cùng kỳ để tiếp tục theo dõi tại chỉ tiêu [43] trên tờ khai 01/GTGT. Công ty được khấu trừ số với thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh từ kỳ tiếp theo cho đến khi khấu trừ hết số thuê được khấu trừ của hai dự án đầu tư này.
Đề nghị Công ty căn cứ vào tình hình thực tế, trên cơ sở đối chiếu các quy định pháp luật hiện hành để thực hiện đúng quy định.
Thuế thành phố Cần Thơ trả lời để Công ty Cổ phần Thực Phẩm Sao Ta được biết và thực hiện./.
