Kính gửi: Công ty TNHH chăn nuôi Lê Lợi
Mã số thuế: 1001221194
Địa chỉ nhận thông báo thuế: Thôn Quang Lang Đoài, xã Thái Thụy, tỉnh Hưng Yên
Thuế tỉnh Hưng Yên nhận được Công văn số 2407/2025/LL/CV ngày 24/7/2025 của Công ty TNHH chăn nuôi Lê Lợi, mã số thuế: 1001221194 (gọi tắt là Công ty) về việc “hướng dẫn xử lý thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với DN có đầu ra không chịu thuế”. Về nội dung này, Thuế tỉnh Hưng Yên có ý kiến như sau:
- Tại khoản 1 Điều 5 Luật số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008 của Quốc hội quy định Luật thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội); khoản 1 Điều 5 Luật số 48/2024/QH15 ngày 26/11/2024 của Quốc hội quy định Luật thuế giá trị gia tăng;
- Tại khoản 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội (đã được sửa đổi bổ sung tại Luật số 56/2024/QH15 ngày 29/11/2024 của Quốc hội) quy định:
“Điều 47. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế:
1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:
a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế."
- Tại khoản 1 Điều 3 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ);
- Tại Điều 4, Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng quy định:
+ Điều 4. Đối tượng không chịu thuế:
"Đối tượng không chịu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng. Một số trường hợp được quy định chi tiết như sau:
1. Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuội trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu. Trong đó, các sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường là các sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay xát, xay vỡ mảnh, nghiên vỡ mảnh, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, tách hạt, tách cọng, cắt, xay, đánh bóng hạt, hỗ hạt, chia tách ra từng phần, bỏ xương, băm, lột da, nghiền, cán mỏng, ướp muối, đóng hộp kín khi, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khí sunfuro, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác và các hình thức bảo quản thông thường khác.
Trường hợp không xác định được thì Bộ Nông nghiệp và Môi trường có trách nhiệm căn cứ vào quy trình sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt do người nộp thuế cung cấp để xác định là sản phẩm chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu theo quy định của pháp luật."
+ Điều 23. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng:
"...2. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa (bao gồm cả tài sản cố định), dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ tính thuế. Trong đó:
...
b) Đối với dự án đầu tư, vừa đầu tư vào sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng, vừa đầu tư vào sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh, số thuế tạm khấu trù được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bản ra trong 03 năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu. Trường hợp sau khi điều chỉnh số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ dẫn đến giảm số thuế giá trị gia tăng đã được hoàn (nếu có) thì phải nộp lại số thuế giá trị gia tăng chênh lệch do điều chỉnh giảm vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Cơ sở kinh doanh không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với số thuế giá trị gia tăng chênh lệch do điều chỉnh giảm.
...
16. Đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được tính vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt."
- Tại khoản 1 Điều 4; khoản 1, khoản 2, khoản 4, khoản 7, khoản 9 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27 tháng 02 năm 2015 của Bộ Tài chính) quy định:
- Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT:
"1. Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.
...
Ví dụ 2: Công ty A ký hợp đồng nuôi heo với Công ty B theo hình thức Công ty B giao cho Công ty A con giống, thức ăn, thuốc thú y, Công ty A giao, bán cho Công ty B sản phẩm heo thì tiền công nuôi heo nhận từ Công ty B và sản phẩm heo Công ty A giao, bán cho Công ty B thuộc đổi tượng không chịu thuế GTGT.
Sản phẩm heo Công ty B nhận lại từ Công ty A: nếu Công ty B bán ra heo (nguyên con) hoặc thịt heo tươi sống thì sản phẩm bán ra thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, nếu Công ty B đưa heo vào chế biến thành sản phẩm như xúc xích, thịt hun khói, giò hoặc thành các sản phẩm chế biến khác thì sản phẩm bán ra thuộc đối tượng chịu thuế GTGT theo quy định."
- Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:
"1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.
Các trường hợp tổn thất không được bồi thường được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm: thiên tai, hỏa hoạn, các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường, hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy.
Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế.
Trường hợp hàng hóa có hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển, bơm rót như xăng, dầu... thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa hao hụt vượt định mức không được khấu trừ, hoàn thuế.
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định là nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp nhà ở cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp do cơ sở kinh doanh đi thuê thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế và giá cho thuê nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT đối với khoản tiền thuê nhà trong trường hợp này được khấu trừ theo quy định. Trường hợp cơ sở kinh doanh xây dụng hoặc mua nhà ở ngoài khu công nghiệp phục vụ cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp, nhà xây dựng hoặc nhà mua thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT của nhà xây dựng, nhà mua phục vụ cho công nhân được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có các chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam, hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với cơ sở kinh doanh tại Việt Nam thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài này.
Trường hợp các chuyên gia nước ngoài vẫn là nhân viên của doanh nghiệp ở nước ngoài, chịu sự điều động của doanh nghiệp ở nước ngoài, được doanh nghiệp ở nước ngoài trả lương và hưởng các chế độ của doanh nghiệp ở nước ngoài trong thời gian sang Việt Nam công tác, giữa doanh nghiệp ở nước ngoài và cơ sở kinh doanh tại Việt Nam có hợp đồng bằng văn bản nêu rõ doanh nghiệp tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở cho các chuyên gia nước ngoài trong thời gian công tác ở Việt Nam thì thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam do cơ sở kinh doanh tại Việt Nam chi trả được khấu trừ.
2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dụng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hoá, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của
hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hoá, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
...
7. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư này không được khấu trừ...
9. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt..."
- Tại khoản 1 Điều 3 Thông tư số 69/2025/TT-BTC ngày 01/7/2025 của Bộ Tài chính quy định:
“Điều 3. Hồ sơ, thủ tục xác định đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng:
1. Người nộp thuế căn cứ hàng hóa, dịch vụ quy định tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng và Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01 tháng 07 năm 2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng để xác định đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng."
- Tại Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015, Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) quy định về các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.
Căn cứ các quy định nêu trên và nội dung văn bản hỏi, Thuế tỉnh Hưng Yên hướng dẫn theo nguyên tắc:
- Đề nghị Công ty căn cứ thực tế tình hình hoạt động sản xuất kinh doanh để xác định đối tượng không chịu thuế GTGT. Trường hợp Công ty có dự án đầu tư trang trại chỉ phục vụ cho hoạt động không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư không được khấu trừ thuế. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, nếu đáp ứng quy định tại Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015, Thông tư số 119/2014/TTBTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) thì được tính vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Trường hợp Công ty đã kê khai khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai 02/GTGT thì thực hiện khai bổ sung theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế sỐ 38/2019/QH14 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật số 56/2024/QH15).
- Về hạch toán kế toán đối với khoản thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, đề nghị Công ty đối chiếu quy định tại chế độ kế toán Công ty đang áp dụng để ghi nhận cho phù hợp.
Nếu có vướng mắc, xin vui lòng liên hệ với cơ quan thuế: Thuế tỉnh Hưng Yên (Phòng Quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp số 3); Số điện thoại: 02213.865.732; Địa chỉ: Số 1 Nam Cao, phường Phố Hiến, tỉnh Hưng Yên.
Thuế tỉnh Hưng Yên trả lời để Công ty TNHH chăn nuôi Lê Lợi biết và thực hiện theo đúng quy định pháp luật hiện hành./.
THAM KHẢO
